Identificación de polimorfismos en RXam2, un gen candidato de resistencia a la bacteriosis vascular de yuca
subject: Polymorphisms, SNP, Yuca, cassava, polimorfismos, resistance, resistencia
description: Título en ingles: Identification of polymorphisms in RXam2 a cassava bacterial blight resistance gene candidate Resumen La yuca se constituye en la base de la alimentación para más de mil millones de personas en el mundo. Una de las principales enfermedades de la yuca y que podría comprometer la seguridad alimentaria es la bacteriosis vascular ocasionada por la bacteria Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). El gen candidato de resistencia RXam2 codifica para una proteína con dominios NBS (Nucleotide Binding Site) y LRR (Leucine Rich Repeats) y colocaliza con un QTL (Quantitative Trait Loci) que explica el 61.6% de la resistencia a la cepa CIO151 de Xam. En este trabajo se secuenció parcialmente el gen RXam2 en tres variedades de yuca: MCOL2246, TMS60444 y SG107-35 con el objetivo de tener una visión preliminar del grado de polimorfismos tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism) que se presenta en este gen. La región secuenciada incluye 507 pb de la región promotora y 1309 pb de la secuencia codificante. Se logró identificar 5 y 31 SNPs al interior de las variedades MCOL2246 y TMS60444, respectivamente. Al mismo tiempo el número de SNPs entre las variedades fue de 44, 34 y 23 para MCOL2246-TMS60444, TMS60444-SG107-35 y MCOL2246-SG107-35, respectivamente. El mayor número de SNPs estuvieron localizados en la región -500 a -300 pb que corresponden a un fragmento de la región promotora del gen, aunque también se identificó un importante número de polimorfismos en la región codificante. Este estudio permitirá identificar el número de polimorfismos en este gen en un mayor grupo de variedades de yuca con el fin de asociar estos polimorfismos con el fenotipo de resistencia/susceptibilidad. Palabras clave: yuca; resistencia; polimorfismos; SNP. Abstract Cassava is a staple food for more than a billion people. One of the major diseases of cassava which could compromise food security is known as cassava bacterial blight, caused by the bacterium Xanthomonas axonopodis pv. …
creator: Elízabeth Contreras, Camilo López
source: Revista Colombiana de Biotecnología
publisher: Universidad Nacional de Colombia
date: 2011
relation: https://revistas.unal.edu.co/index.php/biotecnologia/article/view/27918
coverage: Biotechnology